Index

_

__getitem__() (simplesam.Sam method) __init__() (simplesam.DefaultOrderedDict method) (simplesam.Reader method) (simplesam.Sam method) (simplesam.Writer method) __len__() (simplesam.Reader method) (simplesam.Sam method)

__repr__() (simplesam.Sam method) __setitem__() (simplesam.Sam method) __str__() (simplesam.Sam method) __weakref__ (simplesam.Reader attribute) (simplesam.Writer attribute)

B

bam_read_count() (in module simplesam)

C

cigars (simplesam.Sam attribute)

coords (simplesam.Sam attribute)

D

decode_tag() (in module simplesam)

DefaultOrderedDict (class in simplesam) duplicate (simplesam.Sam attribute)

E

encode_tag() (in module simplesam)

G

gapped() (simplesam.Sam method)

H

header_as_dict() (simplesam.Reader method)

I

index_of() (simplesam.Sam method)

M

mapped (simplesam.Sam attribute)

N

next() (simplesam.Reader method)

P

paired (simplesam.Sam attribute) parse_md() (simplesam.Sam method)

parse_sam_tags() (in module simplesam) passing (simplesam.Sam attribute)

R

Reader (class in simplesam)

reverse (simplesam.Sam attribute)

S

safename (simplesam.Sam attribute) Sam (class in simplesam) secondary (simplesam.Sam attribute)

seqs (simplesam.Reader attribute) simplesam (module) subsample() (simplesam.Reader method)

T

tags (simplesam.Sam attribute)

tile_genome() (simplesam.Reader method) tile_region() (in module simplesam)

W

write() (simplesam.Writer method)

Writer (class in simplesam)